要实现两个三层交换机同一VLAN的互通，需要确保它们之间的VLAN配置一致，确保两个交换机上同一VLAN的端口属于同一个VLAN。其次，需要配置正确的三层交换机之间的路由，以便它们能够相互通信。对于Cisco 3900和Cisco 5500这两款交换机来说，配置方法虽然略有不同，但原理是一致的。
首先，需要在每个三层交换机上创建相同的VLAN，并将对应的端口划分到这个VLAN中。在Cisco 3900上，可以通过进入配置模式，输入vlan的vlan-id命令来创建VLAN。然后，通过进入接口配置模式，输入switchport mode access和switchport access vlan vlan-id的命令来将端口划分到相应的VLAN中。在Cisco 5500上，创建VLAN的方式类似，可以通过vlan vlan-id和interface interface-id命令来完成相应的配置。
接下来，需要在两个三层交换机之间配置路由信息，以实现跨VLAN的通信。在Cisco 3900上，可以通过在全局配置模式下输入ip routing命令来启用路由功能，并通过输入ip route命令来配置静态路由，指定交换机之间的互相通信。在Cisco 5500上，同样需要启用路由功能，并通过输入ip route命令来配置路由信息。
此外，为了确保通信正常，还需要在每个交换机上配置正确的IP地址，并将其分配给相应的VLAN接口。在Cisco 3900上，可以通过进入接口配置模式，输入ip address ip-address subnet-mask的命令来配置IP地址。在Cisco 5500上，同样可以通过进入接口配置模式，输入ip address ip-address subnet-mask的命令来完成IP地址的配置。
最后，确保安全配置的情况下，通过ping命令或其他方式测试两个交换机之间的连通性。如果一切配置正确，那么两个三层交换机同一VLAN之间的通信就可以正常进行了。