L2 MPLS（第二层多协议标签交换）和L3 MPLS（第三层多协议标签交换）在整个网络架构中扮演着不同的角色，其主要区别主要体现在数据处理层次、操作方式和应用场景等方面。L2 MPLS主要在数据链路层工作，这意味着它致力于在点对点的网络链路之间传输数据，并将不同类型的数据帧在网络中进行转发。L2 MPLS在封装过程中，并不会关注其所承载的IP包的数据内容，而是将其当作一个整体来处理。这使得L2 MPLS适合于需要透明传输的场景，比如虚拟局域网（VLAN）或以太网服务。
与此相对，L3 MPLS在网络层上进行操作。它处理的数据包包含IP信息，允许它依据目标IP地址来决定数据包的转发路径。在L3 MPLS中，路由器根据更详细的网络信息（如路由表）进行决策，能够支持复杂的数据包处理和路由功能。L3 MPLS不仅可以实现数据转发，还能够提供多种服务质量（QoS）和流量工程功能，是构建大型复杂网络的重要工具。
在网络结构的灵活性和可扩展性方面，两者也存在显著差异。L2 MPLS的设计使其更适合于局域网及其服务的连接，相对来说，扩展的灵活性可能受到一定限制，因为其主要依赖于现有的链路层协议。但是，L2 MPLS如果与其它技术（如以太网）结合使用，可以实现多种服务的叠加和虚拟化。而L3 MPLS则提供了更高的灵活性，其支持多个IP子网间的互联，能够动态调整路由，以适应不断变化的网络需求和流量模式。
在管理和维护方面，L2 MPLS优化了对数据链路层的控制，使得管理相对简单且具有高效性。因为L2 MPLS主要关注MAC地址和数据链路层的标记，管理员可以在数据链路层处理和调控流量。这对于大规模的以太网服务是非常有利的，能够简化网络管理员的任务。而L3 MPLS则需要更加复杂的网络管理，包括路由协议（如OSPF、BGP）的配置与管理，使得其在管理上对网络管理员的技能要求相对较高。
安全性也是L2 MPLS和L3 MPLS不同的一个比较重要的方面。L2 MPLS的透明性使得在一定程度上，数据传输可以在二层模式下更加隐蔽，减小了攻击面，因为数据包的内容在网络中是不可见的。但是，这种透明性也可能带来一些安全隐患，例如数据流量不能根据实际的业务需求进行合理的隔离。而在L3 MPLS中，由于其基于IP的地址来进行数据转发，因此可以实现更为细致和先进的访问控制及流量监控，能够构建起更为安全的网络环境。
在经济方面，这两种协议的选择也会对企业的成本及投资回报产生影响。L2 MPLS由于其实现相对简单，通常在短期运营成本上表现良好。不过，针对大规模的IP服务和复杂的网络场景，L3 MPLS的投资虽然较大，但在长远的可持续发展和用户体验方面往往会有更高的收益。对企业而言，在选择合适的MPLS层次时，需结合自身网络的构架需求和长远发展战略进行考量。