为了使两个独立搭建的工厂的EXCHANGE系统通过专线相连接并实现互相通信，需要制定一个详细的网络架构和配置计划。这需要网络工程师与EXCHANGE管理员协作完成。专线连接是指利用物理链路直接链接两个位置，从而保证稳定和高性能的数据传输。以下是实现这一目标的几个要点：
首先，专线的物理连接需要由经验丰富的网络服务提供商来搭建。选择一个可靠的服务提供商能够确保在专线上传输的数据安全性和稳定性。专线的类型可能选择光纤专线或者租用业界标准的MPLS专线网络来实现。选择的方案需要根据带宽要求、预算限制和地理位置等具体情况来量身定制。
在专线物理铺设完成之后，下一步是配置网络设备，如路由器和交换机，以确保流量能够正确地在两个位置直接传输。这些设备需要支持必要的协议，例如IPSEC VPN协议，以此在建立安全的远程桥接时加密通信数据。同时，路由器需要设置对应的访问控制列表（ACL）来限制专用链路的流量，以增强安全性。
为了支持EXCHANGE的通信，需要对防火墙进行配置，以便允许相关的协议通过。EXCHANGE服务器可能使用特定的传输端口，例如TCP 25（SMTP）、TCP 443（HTTPS）和TCP 587（SMTP over SSL），所以这些端口必须在防火墙中开放，以便能正常发送和接收邮件。网络管理员需确保这些开放端口不对外部网络的安全构成威胁。
网络的DNS配置对于邮件系统的功能至关重要。必须确保工厂A的EXCHANGE能够解析工厂B的EXCHANGE的DNS记录以进行邮件路由。很多情况下，可以通过配置两地的本地区域网络（LAN）DNS服务器来实现这一点。将对方EXCHANGE服务器的IP添加到本地DNS记录中，以提高解析速度及系统稳定性。
EXCHANGE服务器自身需要做一些配置调整，例如在发送连接器中增加对方工厂EXCHANGE的域名及IP的路由端口设置。在这个设置过程中，EXCHANGE服务器及域控制器也需要确保运行版本兼容，以免在通信协议上产生不必要的错位或冲突。
由于工厂之间不在同一个域中，进行跨域身份验证可能需要LDAP协议的帮助。此时需要通过双方协商来设置安全的LDAP参数，使用户在使用客户端访问邮件时，无需每次进行信任认证。这一步同样要求双方Active Directory（AD）的准确同步，以免出现权限问题。
处在测试阶段以前，双方的IT团队可进行网络压力测试，以确保在高负载下的系统可靠性，尤其要重点测试邮件的发送和接收时延。对于传输的邮件数据量也应进行适当评估，确保专线带宽充足。邮件系统的自动监控和日志审计机制在这一过程中同样不能忽视。
在所有配置和测试完成后，双方需要制定一份维护及应急方案，以便在出现网络问题时可以快捷地进行诊断和恢复。定期检查专线的物理状态与网络设备的软件版本，并保持EXCHANGE系统的更新，以抵御日益复杂的网络安全威胁。
通过专线将两个工厂的EXCHANGE系统连接起来，实现互相通信，需要从整体网络安全、服务器配置、邮件流通和系统维护等多个角度来综合考虑。需注意专业网络工程师和EXCHANGE管理员的协作，这样可以实现系统的最佳性能与安全性。