要配置路由以连接总公司与两分公司的专线，首先需要对网络架构进行全面的分析，以确保可以顺利实现各个分支机构与总部之间的通信。首先，确认总公司与两个分公司各自的网络拓扑结构，包括路由器、交换机，以及网络子网配置。了解这些基础信息后，可以决定如何规划路由设置，以实现高效的专线连接。
在网络设计的初步阶段，对于不同的分公司，应该考虑使用专用的VPN协议进行连接。这种方式可以实现安全的远程访问，确保数据在传输过程中不会被窃取或篡改。配置VPN能够在总部和分公司之间创建一条专属通道，使得数据交互更加安全。通常情况下，IPsec和SSL是两种常用的VPN技术，应该根据实际需求进行选择并进行配置。
对于路由器的具体配置步骤，首先需要确定每个网络设备的IP地址段。总公司的路由器和每个分公司的路由器应各自拥有唯一的局域网IP地址，同时也需要知道它们外部IP地址。通过合理的IP规划，可以有效减少地址冲突，并提高网络的管理效率。接着，利用路由协议可以保证不同的网络之间能够正确互联，比如采用静态路由或动态路由协议，例如RIP、OSPF或EIGRP等。
在配置具体路由协议时，要求各个路由器能够学会互联网络的路由信息。如果使用动态路由协议，应确保所有路由器都在同一个自治系统内，并根据需求进行相应的配置。比如，如果选择使用OSPF协议，需要设置好相应的区域，并将各个路由器配置为同一OSPF区域，这样可以建立稳定的网络链接。
除了路由协议的配置之外，重视网络安全同样是不可忽视的工作。在连接总公司与分公司之间的专线时，可以利用防火墙及入侵检测系统来增强数据传输的安全性。确保数据交流的过程是安全加密的，防止黑客对网络进行非法攻击。可以根据具体业务需求，设置访问控制列表，以限制某些敏感信息的传输。
在确保路由逻辑和网络安全后，下一个步骤就是测试和监控网络连接的稳定性。通过测试可以找到潜在的网络瓶颈或连接问题，并及时进行调整。在这个过程中，可以使用一些网络监控工具，实时监测流量情况，同时对延迟、丢包率等指标进行跟踪，确保网络性能达到预期标准。
还有一点需要注意的是，针对不同类型的业务应用，可能会对网络配置产生不同需求。对于流媒体、视频会议等对带宽要求较高的业务，建议使用QoS(Quality of Service)来优先处理这些特定的数据包，以确保高效的网络服务。同时对于低优先级的业务数据包可设置较低的带宽限速，避免网络资源的冲突。
最后，应定期对网络架构进行评估和调整，保持网络的高效和安全。针对网络流量的变化，要进行相应的配置更改，确保总公司与各分公司之间的连接始终处于最优状态。实施定期的网络审计和风险评估，可以有效发现网络中存在的潜在问题，及时进行修复，保障整个网络的健康运行。